1985年10月，中共中央发布《关于进一步加强青少年教育、预防青少年犯罪的通知》。同年11月，在北京通过的《联合国少年司法最低限度标准规则》提出“应建立适时少年司法的机构，以满足少年犯的不同需要，保护他们的基本权利”。
其间，检察机关也逐渐在办案中发现，未成年人犯罪原因、动机以及犯罪后对自己行为的认知等，都与成年人犯罪有很大不同，用成年人司法惩处难以起到预防、减少未成年人犯罪的目的。
正是在这样的背景下，我国第一个未检专门办案组织上海市长宁区检察院“少年刑事案件起诉组”孕育而生。
此后随着全国第一部保护青少年的地方法规《上海市青少年保护条例》于1987年6月出台，上海20个区县检察院均相继在起诉科设立少年起诉组，承担起未成年人刑案的审查起诉、出庭公诉和预防犯罪等工作。
与此同时，重庆、福建、北京等地的一些检察院也先后在起诉、批捕部门设立了未检专门办案组。
经过5年多地方探索，1991年6月，“两高两部”联合下发《关于办理少年刑事案件建立互相配套工作体系的通知》，要求“人民检察院应根据办理少年刑事案件的特点和要求，逐步建立专门机构”。
同年9月，全国人大常委会通过未成年人保护法明确，公安机关、检察院、法院办理未成年人犯罪案件，应当照顾未成年人的身心特点，并可以根据需要设立专门机构或者指定专人办理。
很快，最高检就在当时的刑事检察厅成立了少年犯罪检察工作指导处，有力指导地方未检工作专门化建设。上海市虹口区人民检察院率先成立了集未成年人刑事案件审查批捕、审查起诉等检察工作于一体的独立建制机构未成年人刑事检察科。
设置专门机构处理未成年人司法问题是衡量一个国家未成年人司法制度是否成熟的重要标志之一。如今回过头来看，司法实践证明，没有未检专门机构就没有未检案件的专门办理;凡是未检工作成效突出的地方，其未检机构也必然比较健全。
然而，未检专门机构建设并非一帆风顺。
由于1996年刑诉法修订没有对办理未成年人案件的程序作专门规定，在之后的机构改革中，未检机构与少年法庭一样纷纷撤并，最高检也于1997年取消了少年犯罪检察工作指导处。
但未检工作的探索从未中断。1999年预防未成年人犯罪法出台，次年中办、国办转发中央社会治安综合治理委员会《关于进一步加强预防青少年犯罪工作的意见》，各地持续深入推进未检工作。
进入新世纪后，最高检总结各地经验，下发《人民检察院办理未成年人刑事案件的规定》，以司法解释的形式首次对未成年人刑事检察工作做出系统规定，确立未检工作专人办理制度。
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